第662章 不太乐观的情况（2 / 2）

他将绝大部分精力重新投入到了“枢纽蛋白”这一核心项目上，几乎住在了实验室。

然而，随着研究的深入，一个前所未有的瓶颈，如同一堵日益增厚的高墙，横亘在前进的道路上。

项目现阶段的核心任务，是穷举性地筛选和验证可能与GPCR及囊泡运输机器（SNARE复合物等）同时存在相互作用的候选蛋白，并模拟它们之间可能形成的、动态变化的超复合物结构。

埃琳娜·沃森教授领导的团队，利用冷冻电镜和一系列生物物理手段，已经筛选出数十个潜在的“候选者”，并积累了大量关于它们构象变化的初始数据。

不过，问题也恰好就出在这里。

这天下午，在项目核心进展会议上，负责计算建模的新任负责人。

一位刚从普林斯顿引进的年轻天才博士赵栋梁，正满头大汗地汇报着，语气中充满了无力感。

“院长，沃森教授，我们现有的计算集群，已经满负荷运转了超过一周。”赵栋指着屏幕上几乎停滞不前的进度条。

“但情况……很不乐观。”

他切换屏幕，展示出令人头疼的数据：

“我们目前面临的，是一个典型的多体、多尺度、长时间动态模拟问题。以SFR-1这个首要候选蛋白为例”

“我们需要模拟其与GPCR的某个特定构象、以及至少一种SNARE蛋白核心组分，在接近生理环境，例如水分子、离子、膜磷脂双层下的相互作用。”

他放大了一个模拟框，里面是数以百万计的原子在运动。

“这涉及到数百万个原子，模拟时间尺度需要达到微秒级，才能捕捉到有生物学意义的构象变化和结合事件。这还只是针对一个候选蛋白，与有限几个伙伴的简单情况。”

赵栋梁的声音带着一丝绝望：“而实际上，我们怀疑这个‘调度枢纽’可能是一个更大的、动态组装的蛋白网络。我们需要同时考虑多个候选蛋白，多种GPCR类型，多种SNARE组合。”

“以及它们之间所有可能的竞争、协同或序贯结合关系。这其中的组合爆炸，使得计算量呈现指数级增长。”

他调出了一张令人瞠目结舌的预估图：

“根据最保守的估算，要完成我们预设的全面筛选和动态验证，即使将现有计算机集群的全部算力投入于此，也需要……超过五十年。”

“五十年？”罗伯特教授忍不住惊呼出声，脸上写满了难以置信，“我们等不了五十年！也许五年后，冷泉港或者其他什么机构就已经发表成果了！”

埃琳娜的脸色也变得极其凝重，她补充了结构生物学面临的困境：“不仅如此，我们通过冷冻电镜和交联质谱获得的海量原始数据，其处理、分类、尤其是三维重构和异质性分析，同样需要巨大的算力。”

“没有强大的计算支持，我们就像拿着最先进的望远镜，却无法对焦，看到的只是一片模糊的光斑。”